A bazilika emeleti helyiségeiben helyezték el a világhírű kincstár remekeit. Magyarország leggazdagabb egyházi kincstára, ötvös- és textilgyűjteménye világviszonylatban is kiemelkedő.

A mintegy 400 darab ötvösremek és textília legértékesebb darabjai között tartják számon az Árpád-kori eredetű koronázási keresztet (erre tették le az esküt a koronázáskor a magyar királyok), Mátyás király drágakövekkel és igazgyöngyökkel díszített, színarany kálváriáját, a világ egyik legszebb gótikus kelyheként számon tartott  Suki-kelyhet, a bizánci sztaurothékát (csóktáblát), a különböző szarvserlegeket és gótikus miseruhákat.

A kincstárban időszaki kiállításokat is rendeznek.